Men Shi Huang visste att han snart skulle dö och under sitt kejserliga sigill skrev han en befallning till sin äldste son, Fu Su, som i vanära hade sänts till den stora muren på grund av att han inte alltid var överens med sin far över hur riket skulle styras. Han befalldes bara att möta begravningskortegen i Xianyang och begrava sin far där. Det var naturligtvis underförstått att Fu Su skulle bli hans efterträdare. Shi Huang överlämnade brevet till eunucken, Zhao Gao, vilken i sitt ämbete som uppsyningsman för stallen och vagnarna också svarade för det ämbetsverk som befordrade de kejserliga skrivelserna. Eftersom Zhao Gao hade sina egna planer när det gällde tronföljare blev brevet aldrig avsänt, utan ironiskt nog blev Shi Huangs sista befallning den första som inte åtlyddes. Strax därefter dog han en sommarkväll år 210 f. Kr.
Medveten om risken för att det skulle uppstå oroligheter i det av missnöje fyllda riket nu när kejsaren hade dött så långt hemifrån, fann ministern Li Si på en djärv plan. Han tog hjälp av Shi Huangs andre son, Hu hai, och dennes tidigare läromästare, Zhao Gao, samt andra betrodda eunucker för att dölja kejsarens död genom ett utstuderat spel. De hundratals hovmännen och militärerna i den kejserliga processionen misstänkte ingenting; ett parti fisk placerades för övrigt på en vagn bakom den kejserliga karossen för att i sin odör dränka eventuell liklukt. Order att begå självmord skickades därpå i kejsarens namn till den relativt liberale kronprinsen Fu Su och en ryktbar general vid namn Meng Tian, och båda hade lydigt tagit sina liv när processionen återkom till staden, varpå det kejserliga dödsfallet omsider kunde offentliggöras och den döde potentaten föras till vila i en palatslik grav där talrika barnlösa hovdamer och tjänare blev inneslutna tillsammans med honom.
Hu Hai sattes på tronen av övereunucken Zhao Ghao, som sedan styrde enväldigt i den unge kejsaren namn; han utkonkurrerade för övrigt strax Li Si och lät denne utstå "De Fem Pinorna", dessa bestod av att: få näsan uppskuren, en hand avhuggen, en fot avhuggen, bli kastrerad och slutligen höggs man itu i höjd med midjan. Man avrättade också Li Sis familj ned till den tredje generationen.
Det första medborgerliga motsåndet mot Qinimperiets välde uppstod då en ung jordbruksarbetare hotades med döden för ohörsamhet. Denna händelse i förening med åratals växande oro inför palatsets sätt att styra utvecklades till ett uppror där tusentals bönder, bland vilka många hade militär utbildning, reste sig mot Qins lagar och ämbetsmän. Resningarna utmynnade i ett inbördeskrig som varade i något årtionde och åstadkom fruktansvärd förödelse i landet. Den andre kejsaren av Qin hörde till dess offer och blev inte gammal; när efter tre års tid en rebellisk armé närmade sig huvudstaden mördades han nämligen av Zhao Ghao, som utan framgång sökte rädda situationen genom att placera ett barn på tronen i hans ställe. Såväl gossen som han själv förlorade livet när staden föll.
Detta hände år 207 f. Kr., och därmed var det slut på dynastin Qin, som existerade blott några få årtionden och dock lämnade spår som bestod i årtusenden.